東亞種業自1993年成立之初就設立了東亞種子研發中心，下設13個育種所，涵蓋玉米、水稻、大豆、高粱等作物。東亞現代種業研發中心累計投入約3億元，配備約千平方米種質資源庫、2萬平方米育種實驗室、3千平方米DH系冷棚、千平方米智能化溫室、2千畝育種試驗基地及683臺（套）各類科研設備。擁有約60人的科技骨干隊伍，由“中國種業十大杰出人物”獲得者、中組部“萬人計劃”科技創業領軍人才、“張海銀種業促進獎”一等獎獲得者徐福春先生領軍，集聚多位行業知名科學家，多名成員為國務院特殊津貼專家，涵蓋常規育種、分子育種、智慧育種、基因編輯、栽培技術等多個專業領域。

東亞種業2008年獲批高新技術企業，2011年被農業農村部授予“東北主要作物遺傳育種重點實驗室”，2015年獲批科技部“玉米生物育種國家重點實驗室”，2022年重組為“玉米生物育種全國重點實驗室”。自2006年參與國家火炬計劃以來，東亞種業承擔了農業農村部、科技部、發改委和省市各級政府部門的系列科研任務百余項，包括多個國家重大專項和技術攻關項目。“十三五”期間東亞種業首次牽頭國家科技重大專項。“十四五”期間國家關于農業生物育種的9個重大專項，東亞種業參與了其中由中國農業大學主持的“抗病蟲高產玉米基礎種源創新與應用”，北京市農林科學院主持的“耐密抗倒籽粒脫水快高產玉米基礎種源創新與應用”等8個，并牽頭多個子課題。在農業生物育種重大專項支持下，東亞種業依托生物育種技術開展系統攻關，通過全基因組選擇，精準聚合籽粒脫水基因和株型調控基因，設計育成株型緊湊、根系發達、莖稈堅韌、脫水速度快的優良自交系，培育出耐密宜機收玉米重大新品種“東科1188”，突破了制約玉米產業高效發展的關鍵瓶頸，被評價為“十四五”農業科技硬核成果。截至2025年12月東亞種業在研國家級課題8項、省級項目4項。